El Laboratorio Agrario presta servicios al Servicio de Impuestos Especiales de Hacienda Foral (hidrocarburos, alcoholes, bebidas alcohólicas, etc.). En algunos casos, este servicio puede implicar que se proceda a análisis solicitados por determinadas empresas, pero lo habitual es que no sea así, ya que los parámetros realizados se han seleccionado únicamente con el criterio que impone el Reglamento de Impuestos Especiales.